Die Links sind speziell auf Estland zugeschnitten. Aber in diesem Thema unterscheiden sich die Baltischen Staaten sehr wenig.
Im übrigen hat die Entführung des Estnischen Beamten dafür gesorgt, dass die Kluft zwischen beiden Teilen wieder größer geworden ist.
Naja, dass nach einer solchen Verschleppung / Festnahme (je nachdem, welche Seite man fragt) das Misstrauen größer wird, dürfte nicht verwundern. Abhängig davon welchen Medien man Glauben schenkt war es entweder ein Übergriff seitens einer russischen Patrouille auf estnisches Gebiet oder ein Spionage-Versuch seitens der Esten. Beides jeweils keine vertrauensbildende Maßnahme. 
Was ich mitbekomme liegt es gerade in Estland auch daran, dass viele russischstämmige Einwohner sich in gewisser Weise verweigern. Aus verschiedenen Gründen, einige weil sie sich etwa dem Sprachtest nicht stellen wollen aus Angst, zu versagen; andere weil sie innerhalb einer Art russischer Enklave leben und die Notwendigkeit nicht sehen; wieder andere sind prinzipiell dagegen, sich in die estnisch geprägte Gesellschaft zu integrieren. Aber es gibt auch viele russischstämmige Einwohner, die akzeptiert haben, dass sie sich irgendwie anpassen müssen, wenn sie vorankommen wollen. Und die sind dann auch nicht mehr auf dem Arbeitsmarkt benachteiligt, sondern haben unter Umständen sogar Vorteile, weil sie eben beide Seiten kennen und ihren Nutzen daraus ziehen können.
Das ist halt die Frage, inwieweit man sich integrieren will. Aber die ist weltweit ähnlich angesiedelt. Wenn ich als Deutscher beispielsweise nach Schweden gehe und dort nicht gewillt bin, schwedisch zu sprechen, kann ich doch nicht erwarten, dass mir ein guter Job nachgeworfen wird, unabhängig von meiner Qualifikation für den Job. Was natürlich in Estland noch mit reinspielt ist das Selbstverständnis eines Teils der russischstämmigen Bevölkerung, die halt über lange Jahrzehnte das Sagen hatte und jetzt auf einmal nur noch die zweite Geige spielen soll. Diese bestehenden Ressentiments werden natürlich auch durch die russische Propaganda bedient.
Insofern ist das Problem dort nicht hausgemacht, sondern hängt von mehreren Faktoren ab, die nur zu einem kleinen Teil der estnischen Regierung bzw. den Behörden anzulasten sind. Auf Lettland trifft das meines Wissens in ähnlichem Maße zu, über Litauen habe ich da weniger Infos.